Daftar sumber resmi untuk memperoleh SMILES, InChI, identitas obat, asal spesies, serta hubungan tanaman–fitokimia sebelum data diproses menjadi graf molekul.
Untuk obat sintetis, kita mencari satu struktur molekul per bahan aktif. Untuk herbal, yang dicari bukan “SMILES tanaman”, melainkan SMILES setiap senyawa fitokimia yang terdapat pada tanaman atau ramuan tersebut.
Gunakan tombol kategori untuk menyaring sumber. Semua tombol “Buka database” mengarah langsung ke laman resmi.
Sumber awal paling praktis untuk obat yang disetujui atau dipasarkan. Halaman unduh menyediakan berkas SMILES dan InChI beserta nama INN, DrugCentral ID, dan CAS; tersedia pula daftar FDA, EMA, dan PMDA.[1]
Pencarian struktur berdasarkan nama atau CID serta akses programatik melalui PUG REST. Cocok untuk melengkapi dan memeriksa ulang SMILES.[2]
Database senyawa bioaktif dengan unduhan SQLite, MySQL, PostgreSQL, SDF, dan format lain. Cakupannya lebih luas daripada obat yang telah disetujui sehingga perlu difilter.[3]
Berkas struktur memuat SMILES, InChI, dan InChIKey. Berkas lain menyediakan hubungan senyawa–spesies dan aktivitas biologis.[5]
Menyediakan informasi kimia fitokimia, struktur 2D/3D, asosiasi tanaman–fitokimia, bioaktivitas, serta formulasi herbal.[4]
Koleksi natural products dalam CSV dan SDF, termasuk canonical SMILES. Data tersedia dengan lisensi CC0, tetapi setiap senyawa tetap perlu diperiksa apakah benar terkait tanaman obat.[6]
Sumber natural-product occurrence yang berguna untuk menelusuri struktur senyawa dan organisme tempat senyawa tersebut dilaporkan.[7]
Arsip IndonesiaHerb memuat sekitar 5.310 formulasi jamu dan 1.133 data herbal, termasuk nama bahan, bagian tanaman, efek, referensi, dan nama ilmiah.[8]
Tentukan definisi kelompok. “Sintetis” sebaiknya dibatasi pada small-molecule drugs yang masuk daftar regulator; “herbal” berarti senyawa fitokimia dengan sumber tanaman yang tercatat.
Unduh berkas primer. DrugCentral untuk sintetis; NPASS Structure dan Species Source untuk herbal.
Gabungkan metadata. Hubungkan data berdasarkan DrugCentral ID, PubChem CID, InChIKey, NPASS ID, atau nama ilmiah tanaman.
Standardisasi. Validasi SMILES, pisahkan garam, pilih parent molecule, dan deduplikasi menggunakan InChIKey.
Simpan asal data. Setiap baris harus memiliki kolom database sumber dan tautan/referensi agar dapat dilacak.
Sebelum menghitung topological indices, bentuk tabel minimum berikut:
Nilai kelas: synthetic atau herbal_compound. Kolom tanaman dikosongkan untuk obat sintetis. Jangan memberi satu SMILES kepada tanaman atau ramuan secara keseluruhan.